La segunda razón de la duda se debe a la dificultad de distinguir el sueño de la vigilia. Pensamientos que tenemos estando despiertos, pueden venirnos también estando dormidos de la misma manera que la realidad de los sueños no se distingue de la realidad del estado de vigilia cuando estamos dormidPor último, postulará la hipótesis de la existencia de un "genio maligno" que nos haga ver con evidencia algo que no lo es. Quizás hemos nacido con un grado de imperfección tal que cuando creemos que algo es verdad, en realidad sea mentira y viceversa.Descartes emplea la duda metódica para superar el escepticismo y encontrar una proposición que resista absolutamente cualquier duda imaginable. La duda es consecuencia de la primera regla del método, ya que se debe admitir como verdadero solo aquello que se presente con absoluta claridad y distinción, y por lo tanto con evidencia.

Con su método rechaza todo aquello que él tenía como cierto, provenga de los sentidos o del conocimiento. Y al dudar de todo conocimiento descubre, que hay uno del que no puede dudar, de que él piensa, “Pienso, luego existo”.

De esta conclusión deduce el Primer Principio de la filosofía que buscaba, la filosofía basada en el método matemático. La proposición hallada es totalmente evidente ya que no puede dudarse su veracidad en absoluto, porque puede fingir que su cuerpo es una ilusión, pero no puede fingir que no piensa. Por lo tanto de esto deduce que existimos como seres pensantes.

Por ello afirma que hay una parte de nosotros cuya misión es pensar, la res cogitans o sustancia pensante. Para Descartes la sustancia es aquello que no necesita de ninguna otra cosa para existir y es la base de los atributos y modos; y según su concepción.

Existen tres sustancias la 1º res cogitans o sustancia pensante; la 2º res infinita o sustancia infinita y la 3º la res extensa o sustancia extensa; y. De la existencia de la res cogitans y la res extensa se muestra el dualismo antropológico de Descartes, la sustancia pensante o alma, que es inmaterial, y la sustancia extensa, el cuerpo. También se deduce que es mucho más fácil de distinguir el alma que el cuerpo.

A la conclusión de que somosseres pensantes se ha llegado mediante la intuición, es decir, a la percepción íntima e instantánea de una idea o verdad que aparece como evidente a quien la tiene. Y emplearemos la deducción para proceder de lo universal a lo particular, es decir, a partir de un axioma o verdad primera, extraer las demás verdades.

Descartes piensa que, si dudamos es que no somos perfectos, pues hay más perfección en el conocimiento que en la duda. Si sabemos que no somos perfectos es porque tenemos una idea innata de perfección en nuestra mente que tiene que proceder de alguien más perfecto que yo, y ese tiene que ser Dios, por lo tanto Dios existe. Y se presenta a Dios como la sustancia infinita (res infinita), la perfección; y como garantía de nuestros conocimientos, oponiéndose a idea del genio maligno.

Para salir del inmanentismo en el que se halla en la cuestión del cogito y las ideas, es decir que el yo no se puede engañar al pensar que existe y que lo que piensa son las ideas, Descartes procede a la demostración de la existencia de Dios.

Esto lo hace afirmando que la mente y el mundo han sido hechos por un ser infinitamente bueno, y que por ser bueno, no puede querer engañarme cuando me noto a mí mismo pensando. Descartes se propone a demostrar la existencia de Dios, pero naturalmente, a partir del cogito solo y de las ideas, ya no admite en principio otra realidad; en esto el planteamiento de Descartes es moderno: La demostración de la existencia de Dios ha de consistir en poner de manifiesto que la mente no puede dudar de la existencia de Dios. Dios no puede ser una idea adventicia ni facticia, ya que no la captamos a través de los sentidos ni la creamos a partir de ellos, por lo tanto debe ser una idea innata.

Descartes distingue como otros pensadores entre el alma y el cuerpo:

Al alma sólo pertenece el pensar (res cogitas), mientras que el cuerpo pertenece a lo material (res extensa). El cuerpo se reduce a una máquina regida por las leyes de la física. La vida se reducirá a movimiento mecánico; en particular, en los animales, que carecen de alma y pensamiento.