metafísica: Descartes, tras establecer las reglas del método y la moral provisional, construye los cimientos de la metafísica. Partiendo de la verdad indudable "Pienso, luego existo" (cogito, ergo sum), argumenta que el simple acto de pensar demuestra la existencia del pensador. Sin embargo, esto no asegura automáticamente la existencia de otras cosas, incluyendo el propio cuerpo, que queda sujeto a la duda. El "cogito" se convierte en la primera verdad incuestionable y un criterio de verdad para Descartes, quien inicia la tarea de demostrar la existencia de otras realidades a partir del pensamiento. Distingue entre la realidad subjetiva y objetiva de las ideas, clasificándolas en adventicias, facticias e innatas, siendo estas últimas clave para el conocimiento de la realidad objetiva.

Descartes encuentra en las ideas innatas la noción de infinitud, argumentando que su duda sobre su propia limitación le lleva a concebir lo infinito. Contrario a la explicación tradicional, sostiene que la idea de lo finito se origina en la de lo infinito, la cual proviene de Dios, una sustancia infinita. Para probar la existencia de Dios, utiliza dos argumentos principales: el de la objetividad de las ideas y el ontológico. Utiliza la analogía del triángulo para explicar que la definición de Dios exige todas las perfecciones, incluida la existencia. Una vez establecida la existencia de Dios, Descartes afirma que este garantiza el principio de evidencia. Además, confía en Dios para asegurar la existencia del mundo exterior, fundamentando así su visión mecanicista del universo, donde todo se explica mediante leyes mecánicas, incluso los cuerpos vivos, considerados como autómatas sin alma.

antropología: Hemos visto cómo, a partir del cogito, Descartes llega a la existencia de tres «cosas» (res, en latín) o sustancias, cada una definida por un atributo, es decir, cualidad que es inseparable de la misma sustancia: Sustancia pensante (res cogitans) —el yo o el alma—, a la que corresponde el atributo del pensamiento. Sustancia infinita (res infinita) -Dios—, a la que corresponde la perfección. Sustancia extensa (res extensa) —los cuerpos, la materia—, a la que corresponde la extensión. Descartes define la sustancia como aquello que existe de manera independiente y no necesita de ninguna otra cosa para existir. En un sentido absoluto, sólo la sustancia infinita (Dios) cumple esta definición. Sin embargo, en un sentido relativo, se aplica también a las otras dos sustancias: la materia extensa y la materia pensante, que son independientes entre sí pero dependen de Dios.

Esta independencia lleva a la conclusión de que en el ser humano existen dos sustancias separadas: cuerpo y alma. Descartes ya había señalado esta independencia al definir el yo como "una cosa que piensa". Aunque las sustancias son heterogéneas, hay una comunicación entre el alma y el cuerpo, que Descartes intenta justificar mediante la glándula pineal en el cerebro, considerándola como el punto desde el cual el alma actúa sobre el cuerpo.

Sin embargo, esta explicación no resulta completamente satisfactoria, y Descartes mismo admite que no tiene una idea clara y distinta sobre cómo se produce esta comunicación. El problema de la relación entre las sustancias queda sin resolver, y otros filósofos racionalistas posteriormente intentarán abordar esta cuestión, tratando de superar la separación radical entre alma y cuerpo establecida por el dualismo cartesiano